在电影开始开篇，场景好像被设置在一片大森林中。在森林内, 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天真的男孩，但这次经历对他来说是可能使他终身受益。 　　当他进入森林的时候,他遇见一个叫Mika的少女。Mika大概是森林的监护人, 而且与 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人给这里带来了麻烦，Yukinari将帮助Mika摆脱这些伐木者。这时Mika向Yukinari解释了森林现在存在的危险，以及他们必须在有限的时间内寻找她所需要的某个答案。突然，雪比拉出现了，将他们带入了40年后的时代。 　　在那里，他们遇见了我们的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari还有某种血缘关系。与此同时，火箭队的成员之一Bisashu也在积极的寻找着雪比拉。这个男人带着一个金属头盔站在...

为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续修业之旅。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，并在此遇到了传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。 　　早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子分别带着黑龙杰克罗姆（高桥英树 配音）和白龙雷西拉姆（谷原章介 配音）发生争斗，令国家崩溃在即。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉，而大地之乡则从此凋零。作为大地之乡的后裔，德雷多（つるの剛士 配音）找到了被封印的杰克罗姆，于是决定重建失落已久的故土……

“反转世界”是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个美丽而规则的世界，是骑拉帝纳栖居的特殊空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，“反转世界”也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的骑拉帝纳找到了帝牙卢卡，并想将其拖入反转世界中。 　　“现实世界”，在继续旅行的小智和皮卡丘一行的面前出现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有“花媚”之称的感谢神奇宝贝洁咪。被卷入帝牙卢卡和骑拉帝纳的战斗的洁咪在千钧一发之际从反转世界逃出。小智一行带着精疲力竭的洁咪前往神奇宝贝中心。 洁咪用心电感应将小智一行带到了它的“葛拉西蒂亚花(グラシデア)花田”，并告诉他们在这“葛拉西蒂亚花”中隐藏着巨大的秘密。正准备离开神奇宝贝中心的小智等人遇到了前来捕捉洁咪的火箭队。而与此同时，神奇宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了“次元旋涡”，将火箭队、洁咪连...

据说基拉祈只有一千年才会醒来一次，吸收千年彗星的力量，反哺给大地，从而使得法恩斯成为欣欣向荣的圣地。但就在这次苏醒前夕，魔术师巴特勒与他的女友兼助手黛安，将包裹基拉祈的结晶发掘并从法恩斯带走。 　　为了观看千年彗星出现的那一瞬间，小智一行人前往将举办千年彗星庆典的游乐场。当他们跑到指南上所描述的地点时，却失望地发现这里是一片荒凉的空地。由于天色已晚，他们便在这里吃晚饭，并决定在此露营过夜。深夜，当大家都在睡梦中时，一群车队从山的那头驶过来，惊醒了小智一行人。在游乐场的小市上，小遥买下了一款挂饰“圆梦之星”，据说，在可以看见千年彗星的七天之间，每天晚上都默念愿望，折入一个星星的角，等第七个夜晚结束的时候愿望必定会达成。小智和小胜意外成为了魔术师巴特勒的幸运观众（因为小胜听到了黛安手中结晶发出声音而跑向舞台）。巴特勒告知小胜是吉拉祈发出了声音，随后将结晶托付...

照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难…… 　　本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。

民国女子叶南昭（李墨之  饰）遭遇前夫背叛痛失亲女，报官途中遭遇拐卖，无奈冒名顶替一女尸身份成为陆府二姨太。缘分使然，背叛她的前夫竟然是这一家的新姑爷，她顶替的原身还给她留了一大堆烂摊子？

民国女子叶南昭（李墨之  饰）遭遇前夫背叛痛失亲女，报官途中遭遇拐卖，无奈冒名顶替一女尸身份成为陆府二姨太。缘分使然，背叛她的前夫竟然是这一家的新姑爷，她顶替的原身还给她留了一大堆烂摊子？

简香香作为古法制香师，遭遇了男友顾佳成爱情和事业的双重背叛。此时，虚空中突然出现一堆弹幕，对简香香极尽嘲讽，简香香以为自己出现幻觉。然而接二连三的印证后，她才明白弹幕有印证功能。它们明确的告诉她，三个月后被顾佳成送进精神病院。为了逆天改命，报复渣男。简香香决定攻略顾佳成的三叔—顾憬时。顾憬时虽然坐着轮椅，但浑身充满了上位者冷酷又睿智的气势。是顾家真正的掌权者。简香香深知，哭闹是失败者的做法，想让顾佳成跪地唱征服，就要成为他的三婶，做顾憬时的女人。一场始于算计，终于沉溺的猎爱游戏，就此展开。